一般來說我們需要配備的設備如下：
1、天平
天平是實驗室最基礎的儀器，也是每個實驗室必備儀器，用于精確稱量各類試劑。現在實驗室常用的是電子天平，電子天平按照精度不同有不同的級別。
2、純水裝置
水是生物實驗室必不可少的，純水裝置包括蒸餾水器和純水機。蒸餾水器的價格便宜，但在造水過程中需要有人值守;純水機價格高些，但是使用方便，可以儲存一定量的純水。純水使用也有不同的級別，實驗中配制試劑，配制培養基均需用純水。
2、培養箱
培養箱有多種類型，它的作用在于為微生物的生長提供一個適宜的環境。生化培養箱只能控制溫度，可作為一般細菌的平板培養;霉菌培養箱可以控制溫度和濕度，可作為霉菌的培養;CO2培養箱適用于厭氧微生物的培養。
4、超凈工作臺
微生物的培養都是在特定培養基中進行無菌培養，那么無菌培養必然需要超凈工作臺提供一個無菌的工作環境。
5、生物安全柜
微生物實驗中涉及的試劑和樣品微生物有些是有毒的，對于操作人員來說傷害較大。為了防止有害懸浮微粒、氣溶膠的擴散，可以利用生物安全柜對操作人員、樣品及樣品間交叉感染和環境提供安全保護。
6、微生物均質器
用于從固體樣品中提取細菌。用微生物均質器制備微生物檢測樣本具有樣品無污染、無損傷、不升溫、不需要滅菌處理，不需洗刷器皿等特點，是微生物實驗中使用較為方便的儀器。
7、菌落計數器
菌落計數儀可協助操作者計數菌落數量。通過放大，拍照，計數等方式準確的獲取菌落的數量。有些高性能的菌落計數器還可連接電腦完成自動計數的操作。
8、微波爐/電爐
用于溶液的快速加熱，微生物固體培養基的加熱溶化。
9、高壓滅菌鍋
微生物學所用到的大部分實驗物品、試劑、培養基都應嚴格消毒滅菌。滅菌鍋也有不同大小型號，有些是手動的，有些是全自動的。用戶需要根據自己的需要選購。
10、移液器
液體量器用于精密量取各類液體。常見的液體量器有量筒、移液管、微量取液器、刻度試管、燒杯。
11、低溫冰箱
冰箱是實驗室保存試劑和樣品必不可少的儀器。微生物學實驗中用到的試劑有些要求是4度保存，有些要求是負20度保存，實驗人員一定要看清試劑的保存條件，放置在恰當的溫度下保存。
12、搖床
搖床是實驗室常用的一種儀器，在微生物實驗操作過程中，液體培養基培養細菌時需要在特定溫度下振蕩使用。
13、生物顯微鏡
由于微生物體積較小，所以在觀察時需要借助生物顯微鏡。生物顯微鏡用于微生物和微小物品結構，形態等的觀察。
14、冷凍干燥機燥機
主要適用于細菌、微生物、酵母等的干燥。用于干燥保存易脫水的產品，在加水以后能夠再次恢復原材料的特性，不影響其生物活性等。通過冷凍干燥，細菌之類的材料成為干燥狀態，從而不會發生化學改變。
15、分光光度計
分光光度計在微生物試驗中用于測定微生物懸液的濃度，可以正確選取合適的培養時間。一般是在600nm波長測定菌液濃度。
16、恒溫干燥箱
恒溫干燥箱是用于滅菌和洗滌后的物品烘干。烘箱有不同的控溫范圍，用戶可以根據實驗需求進行選擇。例如，有些塑料用具只能在42-45℃的烤箱中進行烘干，一般玻璃用具的烘干可以選擇60℃。
17、恒溫水浴鍋
水浴鍋是一種控溫裝置，水浴控溫對于樣品來說比較快速且接觸充分。有些微生物反應需要在37度，42度，56度下水浴進行，所以恒溫水浴鍋可以提供需要的溫度。
18、酸度計
用于配置試劑時精確測量PH值，從而保證配置的溶液的精確性。有時也需要利用pH計測定樣品溶液的酸堿度。
19、離心機
用于收集微生物菌體以及其他沉淀物。離心機有冷凍和常溫之分。有些樣品由于在常溫下不太穩定，需要低溫環境，要視樣品的種類而定。
20、液氮罐
液氮罐儲存液氮，可用于細菌、酵母、霉菌和大型真菌等各種微生物的長期保存。
以上介紹的是微生物實驗室的基本儀器配置，在組建實驗室時還需要其他一些耗材，例如：
酒精燈，試管架，三角瓶，量筒，玻璃試管，滅菌吸管，涼干架，剪刀，鑷子，脫脂棉，紗布，試管筐，無菌采樣及稱樣袋，接種環，過濾器等。
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